沖縄の人はニガウリの事を『ゴーヤー』と読んでいますし、書くときもそう書いています。
ただ最近は、他府県向けの商品等の表記が『ゴーヤ』となっていたりします。
近くのスーパーで売られているニガウリがなんと表記されているのか調べてみると面白いかも知れないですね。